В первые годы Советской власти Канонерский судоремонтный завод активно развивался. Рядом с заводом расширялась жилая зона: рабочие стремились жить на острове, так как мостов, связывающих Канонерку с «большой землей» не существовало. Население острова увеличивалось, подрастали дети, их надо было где-то учить. Школа на Канонерском острове впервые появилась в 1938 году. Это было деревянное одноэтажное здание, где могли заниматься дети, живущие на острове. Эта первая школа просуществовала недолго: в суровые блокадные дни деревянный дом разобрали на дрова.
В послевоенные годы дети учились в здании клуба (там были отведены специальные помещения под классы).
В 1959 году было построено кирпичное школьное здание. Жители острова, которые учились здесь в 60-ые, 70-ые и даже 80-ые годы, вспоминают школу с теплотой и любовью: в школе было уютно, был прекрасный ухоженный пришкольный участок, множество плодовых деревьев и кустарников, красивые клумбы. В школе была хорошая библиотека, созданы все условия для занятий физкультурой и спортом. Островитяне с благодарностью вспоминают замечательного учителя физкультуры Ажигина Сергея Николаевича, который сумел превратить свои уроки в праздник для детворы, оставаясь при этом строгим и требовательным педагогом. Количество детей на острове постоянно росло, и скоро в здании школы стало тесно: приходилось учиться в 2, а порой и в 3 смены. Возникла необходимость в новом школьном здании.
Громадный учебный комплекс (он включал в себя учебное здание, общежитие, бассейн) был построен на самом берегу Финского залива для ПТУ, которое готовило будущих судостроителей. Именно сюда и была переведена школа № 379 в 1987 году, а будущие корабелы стали учиться в здании на берегу Обводного канала.
Школа существует в этом здании более 30 лет и в 2020 году школе 82 года.